27 июня 1865 года Император Александр II издал Указ об учреждении Министерства путей сообщения России.
Руководство публичными зданиями было передано в ведение Министерства внутренних дел, а телеграф — Главному почтовому департаменту. В МПС был сохранён Департамент железных дорог, и создано Управление Главного инспектора частных железных дорог.
Первым министром путей сообщения был назначен Павел Петрович Мельников — выдающийся ученый, талантливый инженер и организатор. Его перу принадлежит первая в России книга О железных дорогах , многочисленные монографии, статьи, которые охватывают широкий и разнообразный круг вопросов, касающихся железных дорог.
Труды П.П. Мельникова положили начало железнодорожной науке, многим теоретическим разработкам, которые он претворял в жизнь при руководстве строительством железнодорожных линий. Благодаря Мельникову Министерство путей сообщения становится одним из самых авторитетных ведомств России, а служба на железнодорожном транспорте считается одной из самых престижных.